在新能源發電領域，生物質發電有后來者居上的態勢。截至2012年底，全國累計核準容量達8781MW其中并網容量5819MW，在建容量2962MW，并網容量占核準容量的66%。根據中國銀行(601988,股吧)課題組對相關企業的實地調研，當前生物質發電存在的幾個實際問題須引起高度重視。
(1)生物質發電成本遠高于火電：一是生物質電廠建設投資成本較高，相當于同等規模火電廠的2 倍左右。目前安徽省生物質發電企業大多為新建企業，一代電廠，發電機組規模均為2×12MW，二代電廠，發電機組規模均為1×30MW機組，發電機組還處于運營磨合期，缺乏成熟生物質發電企業的經驗。調查顯示，隨著一代電廠運行時間的增加，鍋爐運轉效率穩定性逐漸降低，目前不同一代電廠的單機發電效率出現較大差異。二是秸稈發電對成本的控制力不強，燃料供應不論在數量上還是成本控制上均具有較大的不確定性，無論是固定成本還是原料成本導致生物質的發電成本遠遠高于火電，從安徽省已投產的企業來看，短期償債能力偏弱、還款壓力較大。由于前期項目資金來源主要依靠母公司及銀行貸款支持，負債壓力相對較大，控制不好資金鏈就會出現一定的問題。
(2)原材料供應決定企業的成敗：生物質發電是“小電廠、大燃料”，燃料來源供應不足的矛盾十分突出，產地實際可收集的量和理論計算的量之間有很大差距。首先，秸稈等生物質散布于千家萬戶，季節約束性強，且秸稈體積大、密度小、不易儲存，有的地勢復雜，很多時候機器無法進入田間，勞動強度大、成本高、工作效率低。其次，地方政府由于財力不足等原因，尚未出臺有關秸稈收購的優惠政策，致使秸稈的收購價格難以調動農戶的出售熱情。實行委托代理收購，從收集、打包、儲存再集中向電廠輸送，受成本影響，電廠盈虧平衡點的收購價格平均不能超過350元/噸，去掉運輸儲存成本和代收點等中間環節的扣除，農民收益較低，沒有形成良性的產業利益鏈，加之近年來養殖業等秸稈需求量不斷增加，原材料競爭激烈。最后，為保障農地種植時間，農民往往直接在農地焚燒秸稈以增加土地肥料。一些生物質電廠甚至在建成投產后不久就因原料或虧損而停產，如何保證持續足量、價格穩定的燃料供應，往往是企業運營成敗的關鍵。
(3)電力供應主體的博弈制約企業發展：目前我國能源環境定價機制尚不完善，還不能夠反映資源稀缺程度、供求關系與環境成本，無法實現資源配置的帕累托最優，這會導致商業性資本不愿積極主動地介入節能環保領域。目前國家積極鼓勵生物質發電并網，并以0.75元/KW˙h 補貼價格支持生物發電并網，但由于各方主體利益目標不同，目前生物質發電總量較小，對各利益主體觸及較小，處于較為弱勢的地位。但隨著總量增加，勢必遇到一定阻力。首先，對于地方政府，由于生物質發電燃料供應不穩定和發電技術不穩定，現階段很難將生物質發電作為電力供應的主體，甚至不愿意提升生物質發電在電力供應中的占比，僅僅將其作為能源的補充，另外經濟總量的考核壓力，一些資源依賴地區，由于生物質發電的供應價格要高于煤電價格，雖然由國家補貼，但是有的地方資金往往不能及時到位，在目前煤炭資源相對豐富的情況下，電力供應依然主要依賴煤電，增加生物質發電的積極性不高。
(4)扎堆建電廠盈利能力差：這幾年，農村勞動力缺乏以及成本上升，致使燃料的加工、儲運、管理環節人工成本不斷上升。而電價卻是微小地浮動或者是不動。雖然國家給予一定建設補貼，但目前大部分電廠尤其是一代電廠盈利較差，或處于虧損狀態。根據凱迪電力(000939,股吧)年報，2013年上半年，生物質發電板塊毛利率為12.32%，但銷售收入較上年同期減少35%，且第一代電廠毛利率下降幅度較大。通過調研顯示，有些地方政府出于招商引資的考慮忽略對行業發展進行客觀整體規劃和引導，造成地區項目布局不合理。“扎堆”建廠必然導致爭相哄搶原料，價高質次惡性競爭。同時，采用不同鍋爐的生物質電廠，其發電量、年利用小時數差異巨大，有些項目的設備年發電量甚至不到平均水平的50%。農民燒秸稈、電廠缺秸稈和扎堆建電廠的三重矛盾，如果產生的效益比付出的成本還低，企業根本運轉不下去。
(5)碳排放交易前景不明：目前我國大部分生物質發電項目均實現了履約注冊，但《京都議定書》第一個履約期在2012年已到期，受國際經濟環境惡化、歐債危機影響，碳減排交易下降供過于求，價格暴跌。目前新建的生物質發電項目能否獲得減排資金支持，前景不明朗。客觀上CDM項目本身的復雜性和未來收益的不確定性，以及中國在CDM交易中事實上的弱勢地位，對于盈利能力并不強的生物質發電企業而言，按期歸還項目貸款雪上加霜。從國內剛剛起步的碳金融實踐中，可以說是商機和陷阱并存。一是人才素質跟不上市場需求;其次是市場環境問題，碳排放權作為一種無形資產，開發程序復雜，交易規則嚴格，缺乏專業的機構幫助銀行分析、評估、規避交易風險;最后是政策問題，碳排放權的價格波動和市場規模與經濟周期的波動呈正相關。
(6)銀行授信風險：企業授信以建成后的有效資產作抵押，一是電廠土地大多是劃撥土地無法實現有效抵押，專業設備的處置難度較大，采用收費權賬戶質押對銀行債權作用有限，不能真正緩釋信貸風險。加之一代電廠普遍存在機組運行不穩定，必然影響自身的經營效益，如果采用第三方擔保的方式，則要增加企業的負擔。對集團客戶而言，還存在集團與子公司之間股權關系復雜、關聯交易頻繁、股權轉讓頻繁，而且，集團資金一般由總部統一調度，存在著挪用信貸資金的可能。同時，集團與子公司之間，經營范圍廣泛，投資項目較多，涉及面廣，可能出現因攤子鋪得過大、戰線過長，多種經營效益差增加銀行的授信風險。
